儿童眼中的世界在这部电影中美丽地展开。小玛丽（凯特·马伯里凯特·马伯里饰）父母双亡，她来到苏格兰与亲戚住在一起。这是一个美丽而又有些神秘的庄园，尤其是秘密花园是玛丽心中的一大谜团。原来，玛丽的姑姑死在了自己的花园里，从那时起，她的叔叔就把花园的门锁上了。偶然找到钥匙的玛丽打开了花园的门。从那时起，这座花园就成了玛丽与大自然融为一体的圣地。玛丽还带来了她的表弟科林（海登·普罗斯·海登·普劳斯饰），他已经坐在轮椅上很长时间了。他原本封闭的视野在神奇的大自然面前豁然开朗，而他的朋友迪肯（安德鲁·诺特饰）在这里和他的鸟友们聊天，秘密花园的大门通向孩子们心中的天堂...