一个小男孩经历了一次大爆炸，在医生坚持不懈的赶教下活了下来。然而从那以后，他全身上下都留下了一块块从别人皮肤移植过来的补丁疤痕。由于医生的好意，他也努力发展医学，成为了一名技术高超的天才外科医生。他的名字叫黑杰克。他身边唯一的亲人是皮诺·柯，一个被他高超的医术弄得畸形囊肿的小女孩。
　　黑杰克因他神乎奇技般的外科手术技术，而使名号广为流传于世界各地，但他却是个无照的医师，然而众人对于这样一个谜样般的密医，却是又爱又恨，拜倒于他那神技般的医疗技术，却又对于他看诊的漫天索价相当感冒；但黑杰克对于治疗费用的索取，却没有一定的标准，有时非得开价上亿元不医，有时却又一毛不取替人治疗，在这样索价的往来之间，其实可以细读出黑杰克的情与义。
《怪医黑杰克》的全故事，主要描述了黑杰克与患者的互动与对话，时而透露出黑杰克对生命的尊重和人文关怀。在看似冷酷的外表下，黑杰克有一颗比任何人都珍惜生命的心。