哥斯拉掉进三元山后，日本过了五年平静的生活。自卫队计划用哥斯拉的细胞制造对付哥斯拉的武器，以防万一。反核细菌（ANB）和特殊武器，在与哥斯拉的战争中被摧毁。变身“超级X2 & quot；这个时候，哥斯拉实际上又开始在三元山活动了，这导致日本关东地区的地震继续进行，并导致白神博士死于混合了他女儿细胞和玫瑰细胞的植物，因此白神博士加入了ANB项目，同时他将哥斯拉细胞与混合了他女儿细胞和玫瑰细胞的植物结合在一起，制造了不朽植物Biolandi，但在一次事件中，Biolandi被释放并在芦苇湖中变得巨大。这时，三元山爆炸了，哥斯拉又出现了。自卫队无法阻止哥斯拉向东京方向移动，于是派出了“超级X2”让哥斯拉改变移动方向，但在哥斯拉的不间断攻击下“超级X2”也失去了踪影，但没想到哥斯拉此时会朝着比奥拉迪波的位置移动。.....